Otto IV von Orlamünde hatte bei seiner Stiftung 1279 das Zisterzienserinnen-Kloster mit reichen Ländereien, Einkünften und Rechten ausgestattet. Was kirchliche Aufsicht, Lehre und Zucht betraf war es dem mächtigen Kloster Langheim unterstellt. Aber es blieb rechtlich doch im Besitz der Familie und gelangte zwei Generationen später, als die Orlamünder ausstarben, 1338/40 an die Burggrafen von Nürnberg und dadurch später – als die Hohenzollern sich das Markgraftum in das Obere und Untere Gebiet teilten – an die Markgrafen von Brandenburg-Kulmbach bzw. -Bayreuth. Nach der Reformation 1528/29 unter Markgraf Georg dem Frommen (1527-1541/3) und dem 20 jährigen Protest von Konvent und Nonnen endete 1569 die Klosterzeit. Die letzte Äbtissin und ihre Nonnen traten dann zum protestantischen Glauben über.

• Markgraf Albrecht Alcibiades (1541-1557) versucht, sich mit den letzten Äbtissinnen zu arrangieren. In seiner Amtszeit – jedenfalls bis 1553/54 – war Himmelkron Residenz markgräflicher Prinzen und Hofdamen.
• Markgraf Georg Friedrich (1557-1603) hat Himmelkron „mehr als einmal seines Hof-Ablagers gewürdigt“. 1581 wurde von ihm dort ein markgräfliches Kloster- und Stiftsamt eingerichtet. Ab 1558 war im Gebäudekomplex vorübergehend eine Art Pensionat für Kinder begüterter Adelsfamilien aus der Umgebung untergebracht.
• Prinzessin Barbara, die Tochter von MG Friedrich dem Frommen (1527-1543) und Schwester von MG Georg Friedrich, wurde 1536 in Himmelkron geboren. Sie leitete später bis zu ihrem Tod 1591 das dortige Mädchenstift. Ihr Grab entdeckte man bei Restaurierungsarbeiten 1909 unter dem jetzigen Kanzelaltar.
• 1590 wurde die Klosterkirche Pfarrkirche des Ortes.

Er verlegt den Amtssitz von der Plassenburg in Kulmbach ins Alte Schloss Bayreuth. In seine Regierungszeit fällt der 30jährige Krieg 1618-1648, der im Markgraftum große Zerstörungen hinterlässt. In Bayreuth hat er mit den Folgen von zwei großen Stadtbränden zu kämpfen. Dennoch – oder gerade deshalb – hält er sich samt Hofhaltung in der Sommerzeit oft und gerne in Himmelkron auf. Er stellt den Beamten Christian Sartorius als Stiftsverwalter und Kastenamtmann ein, der später ein bekannter Komponist wird, von dem auch die Trauermusik zu dem aufwändigen Begräbnis des Markgrafen stammt. Aus seiner Zeit stammt der Taufstein von 1618 in der Himmelkroner Stiftskirche – eine Stiftung des damaligen Klosterverwalters und Stiftskastenamtmanns Goekel. Der kostbare Emporenbehang von 1621 vor der Markgrafenloge in der Kirche, der heute im Stiftskirchenmuseum zu bewundern ist, war ursprünglich wohl für die Stadtkirche Bayreuth bestimmt und wurde wegen des Stadtbrandes 1621 auf die Plassenburg und dann nach Himmelkron gerettet. Hierauf geht Claudia Entschladen 2017 in ihrem AO-Beitrag ausführlich ein.

Der Markgraf weilt gerne in Himmelkron. Den Prinzenbau vollendet er bis 1719 und lässt dort schon 1712 einen eigenen Roten Adler-Saal „standesgemäß“ einrichten, so dass sich seine Ordensritter (ordre de la sincérité, der Aufrichtigkeit) nicht nur im Kapitelsaal seines Schlosses in St. Georgen am See treffen konnten, sondern ebenso hier, wo zudem Jagdfreuden, die Baille-Maille-Spielanlage und andere Festivitäten lockten. Er ließ auch die alten Klosteranbauten zu Pferdeställen und Wohnungen für den Hofstaat umbauen, um die Sommer- und Herbstresidenz besser nutzen zu können.

Die Barockisierung der Kirche vollendete er, indem er den mittelalterlichen Flügelaltar 1719/20 durch einen neuen Kanzelaltar von Hofbildhauer Elias Räntz (1649-1732) und Hofbauschreiner Johann Spindler (1691-1770) ersetzen ließ. In allen Markgrafen­kirchen bildet er das Kernstück der protestantischen Einheit von Wort und Altar und schließt bzw. verbirgt hier den ehemaligen Chorraum, so dass der Gemeinderaum einheitlich erlebt wird. Dort, an der Apsis-Wand, erhält sein Kammerherr Freiherr von Cremon noch 1719 einen Grabstein – ebenfalls von Elias Räntz – , nachdem er auf dem Weg von der Kirche zum Schloss überraschend gestorben war.

1722 ließ MG Georg Wilhelm, nur wenige Kilometer entfernt – speziell für die Reiher- und Beizjagd – auch das Jagdschlösschen Falkenhaube errichten.

Der Sohn und Nachfolger von Markgraf Georg Friedrich Karl weilte mehrfach mit Gemahlin Wilhelmine (1709/1735-1758) und dem Hofstaat in der markgräflichen Sommerresidenz am Weißen Main. Es wurden Feste gefeiert und auch die Jagd kam nicht zu kurz. 1744 lässt er vor dem Hofgarten zum Maintal hin eine Schanz zu militärischen Übungszwecken errichten. Auch wird eine neue Sandsteinbrücke über den Weißen Main angelegt. Und die Baille-Maille-Spielanlage wird um eine Attraktion reicher, eine Menagerie mit exotischen oder besonderen Tieren.

Dass der Markgraf 1750 auch drei Kreuzgangflügel vom 1. Klosterhof abbrechen ließ, um Raum für Hofstaat und Verwaltung zu schaffen, wird von Kunsthistorikern bedauert. Immerhin blieb der außerordentliche und wertvolle Flügel von 1473 mit den musizierenden Engeln im Gewölbe, den Relief-Steintafeln an der Seitenwand und den Herolden mit den europäischen Ordensketten bestehen. Dies war vor allem dem energischen Widerspruch des Ortspfarrers Johann Daniel Alberti zu verdanken.

1751 wird noch das barocke Pfarrhaus aufgestockt und 1760 der Schlosshof erweitert. Klostermühle und Klosterbrauhaus belasten den markgräflichen Etat. Der Markgraf lässt sie also privatisieren, d.h. er verkauft sie und sie tun noch lange ihren Dienst.